贡嘎寺分老贡嘎寺和新贡嘎寺。老贡嘎寺位于贡嘎山主峰足下,始建于公元十三世纪中叶,由第二世噶玛巴噶玛巴希的亲传弟子扎白拔(第一世贡噶活佛)所建,至今已有六百余年历史,为历代贡噶活佛之修行闭关圣地。
老贡嘎寺占地面积不大,约两亩多地。寺庙内就像一座四合院。正殿即祖师殿,殿内供奉着噶举三祖师玛尔巴大师、米拉日巴,塔波拉杰和第九世雪山法狮子贡噶呼图克图法像。此殿专供人参拜。正殿左边是护法堂,供奉着噶举教派三大护法即玛哈嘎那、班丹拉姆(吉祥天母)、多吉勒巴护法堂为值日。僧人平日念经场所。正殿后面是经堂,经堂是寺庙的主殿。经堂上方供奉着藏密创始人莲花生大士八化身像和堪珠益喜磋嘉及纳佳门达娜二位空行佛母。经堂是寺庙每年夏季法会扎巴们集中诵经的场所。寺庙的左面是一座简陋的观音殿,殿中央供奉着一尊高约 5 米左右的彩衣千手千眼观音菩萨,观音菩萨周围由两层转经筒围绕,朝圣的人们都要来这里磕头转经。贡嘎寺背后山上有一股泉水通向贡嘎寺院内,相传是第二世噶玛巴用神通引出来的,当地人都把它奉为圣水,凡是来此地朝山的人们都要用瓶子灌上一瓶给家人带回去,说是可以驱邪治病。一九三九年,有贡师弟子汉地瑜伽行者陈健民上师曾在这里闭关修行两年有余。继之后,一九四二年又有满族王室后裔申书文女士(贡师弟子即台湾贡噶老人)又来寺内修行三年。而历年来此登山的各国登山队都以老贡嘎寺为大本营,因此而使老贡嘎寺的盛名传誉海内外。
海拔3741米的老贡嘎寺和7556米的主峰,他们之间遥相呼应的协调性仿佛凝聚了天人合一的神喻。贡嘎寺,如同神的祭品,它平静却不卑微地供奉着众山之王,它渺小的体积在庞大的众山前无法被忽略,这种奇景让人不知为人类的精妙计算还是自然的造物奇迹。
新贡嘎寺始建于公元十四世纪,由第二世贡噶活佛玛舍登巴所倡建。因当地古称康什扎,所以该寺最初被称作康什扎寺(意为三界闻名寺)。寺庙建筑在六巴乡(现改称贡嘎山乡)后面一座山的半山腰,后经历代贡噶活佛扩建,现在寺庙占地约四亩多。因为比老贡嘎寺晚建约一百多年,所以人们都习惯称六巴乡康松扎寺为新贡嘎寺,第二世以后的贡噶活佛大多驻锡在新贡嘎寺。
贡嘎寺是藏传佛教噶玛噶举教派(白教)的三大圣地之一(西藏楚布寺、德格八寺、木雅贡嘎寺)。在二十世纪初至五十年代,这里曾出现一位名震康藏的大班智达(藏区对精通藏学五明大学者的称谓)、大学者,他就是第九世贡噶活佛噶玛协珠却杰生根。
六巴乡新贡嘎寺距离雪山下老贡嘎寺约有一天半的骑马路程,途中要经过下木居、上木居、再翻越一座海拔4650公尺的子梅山,经子梅村才能到达雪山下老贡嘎寺。新老贡嘎寺虽分两处,但同属一个寺庙。
寺庙的僧侣扎巴门一般都聚集在新贡嘎寺,老贡嘎寺由于高寒偏远,平时只有一两个扎巴在那里念经和打扫寺庙。在老贡嘎寺念经的扎巴是每月一换,轮流值班。这是以前贡噶活佛立下的规矩,一直沿用至今。
贡嘎寺每年要举行两次法会,即冬季法会和夏季法会。夏季法会是在每年农历六月,寺内全体僧人集中在雪山下的老贡嘎寺举行金刚亥母大法会;冬季法会是在每年农历十二月在六巴乡新贡嘎寺举行玛哈嘎那大法会,每次法会约需要历时 15 ~ 20 天左右。贡嘎寺的法会是该寺庙一年一度的重大佛事活动,因此而非常隆重。通常,法会都是由贡噶活佛活佛主持。活佛不在时,堪布、大喇嘛也可主持。